台灣西海岸為人口稠密、工業發展、經濟繁華地區，近年面臨許多海岸開發計畫，使自然生態資源與景觀遭受破壞，如何在經濟發展中同時與環境保護並存為首要問題。西部海域苗栗至台南為中華白海豚棲息地，政府預計劃設保護區，保護區畫設前應先對海岸環境品質有所了解。本研究探討西部海岸環境品質之監測成效，藉由環境監測指標因子釐清海洋環境品質之趨勢變化與重要性。
本研究蒐集台灣南部嘉義至高雄2001~2010河川水質、周邊海域水質、底質與生態監測資料，探討相關線性趨勢交互關係，了解水質與底質監測時間與空間的變化趨勢。藉由分析河川污染指數(RPI)和棲地適宜性指數(HSI)之相關性，並運用地理資訊系統(GIS)探討海域生態資源分佈情形與概況，以了解整體海洋環境品質之監測成效。
研究結果顯示十年河川水質監測，二仁溪、北港溪與阿公店溪RPI值介於5.96~6.25屬於中度污染與重度污染範圍，溶氧偏低且氨氮、總磷與大腸桿菌群高於標準值。根據RPI與HSI線性趨勢，以及物理性、化學性等指標監測項目，皆顯示不符合環保署所制訂之「陸域水體水質標準」，其原因歸咎於工業區排放大量事業廢水與市鎮排放家庭廢水，廢水最後排入海洋，間接導致海域污染。
海域水質監測點位離岸最遠達4浬，因海流與離岸距離等因素影響，污染濃度受到稀釋使得監測成效不彰。海域底質監測結果大致符合底質管制標準，除了高雄港海域重金屬鉛、銅、鋅有上升趨勢。海域生態監測沒有明確性趨勢，物種數量與種類無法呈現污染物對環境的衝擊影響，說明海洋物理性及化學性環境監測比較生態監測更能夠達成監測效益。
整體而言，各單位執行監測方法有所差異，且資料散布於各權責機關，難以對海洋環境衝擊問題有完整了解。為使海洋環境監測達到事半功倍的效果，除現有河川水質、海域水質與底質監測之外，應增加生物性指標監測(Bioindicator)，並建立一套完整監測資料庫與環境品質監測機制，具體達成海洋環境品質管理之目的。

The west coast of Taiwan is densely populated with frequently activities for industrial and economic developments. In recent years, many coastal development plans have resulted in concerns about the destruction of natural ecological resources and landscapes. Thus it has become the primary issues on how to do the coexistence of the economic development and environmental protection at the same time. The government has attempted to establish a marine protect area, because the Chinese White Dolphin habitat is off in western waters from Miaoli to Tainan. Nevertheless, it is required to assess the changes of environmental condition and marine environmental quality around the area before the establishment of marine protected areas to the site. The present study was initiated to assess the monitoring effectiveness of marine environmental quality in western Taiwan by collecting and surveying the long term monitoring data that were published under the government reports and documents between the years of 2001 to 2010. The monitoring data included river water, marine water and sediment, and ecological resource survey that were carried out to the sites from Chiayi to Kaohsiung.
The methods for evaluating the environmental quality included the use of geographic information system (GIS) for the biological distribution and linear regression analysis for the trend monitoring of chemical contaminants and physical environmental factors. The data were further evaluated for the River Pollution Index (RPI) and the Habitat Suitability Index (HSI) for the overall marine environmental quality of monitoring effectiveness.
The survey results of ten years river water quality monitoring showed that rivers of Erren、Beigang、Agongdian had RPI values ranged between 5.96 to 6.25. These rivers were heavily polluted with low concentrations oxygen and higher concentrations of ammonia nitrogen, total phosphorus and coliform than the EPA limits. The relationship of RPI and HSI as well as physical、chemical and other indicators obtained from the monitoring displayed strongly beyond the EPA Established Terrestrial Water Quality Standards. These are attributed to the causes of heavy industrial wastewater discharges as well the domestic wastewater from the surrounding towns poured into the ocean.
In the marine water monitoring survey, the sampling sites were differed without a consistent sampling scheme. The offshore sites were sampled greatly in distance up to four knots that has caused the dilution problem through ocean currents and difficulties for the comparison of data results collected in different time. Otherwise, the results were mostly within the guidelines of limit by the EPA. The sediment monitoring results were mostly within the sediment limit with the exception of Kaohsiung harbor which had serious high lead, copper and zinc concentrations.
In the biological survey, the results showed that abundance and species were not evenly distributed with non-comprehensive trends related to the environmental condition or changes. These indicated that biological monitoring survey displayed less important than physical and chemical monitoring for the assessment of man-made pollution or environmental impact from the industrial activities. The ineffectiveness of biological monitoring by surveying the number of species and types which couldn’t render the impact on marine environment should require a proper bio-indicator.
Overall, the relevant authorities should implement an integrated monitoring program with consistent monitoring sampling scheme and monitoring methods. The survey data should be in place at one competent authority instead of scattering in different departments. This means that it is required to establish a complete monitoring database with environmental quality monitoring mechanisms to ensure the quality of the marine environment and to achieve the effectiveness of the marine environmental management purposes.

誌謝 i
中文摘要 ii
Abstract iv
目次 vii
圖次 ix
表次 xiv
第一章 緒論 1
1.1 前言 1
1.2 研究目的 5
1.3 研究範圍 6
1.4 研究流程與方法 9
第二章 背景資料蒐集 11
2.1 周邊海域環境概況 11
2.2 海岸發展現況 15
2.3 河川流域環境與人文發展 18
2.4 小結 30
第三章 河川與海域環境品質監測數據結果 31
3.1 河川環境品質監測結果與分析 31
3.2 海域環境品質監測結果與分析 74
3.2.1 海域水質調查結果 74
3.2.2 海域底質調查結果 115
3.3 小結 133
第四章 海域生態資源分析 134
4.1 海域生態資源概況 134
4.1.1 浮游植物資源調查 137
4.1.2 浮游動物資源調查 141
4.1.3 底棲生物資源調查 145
4.2 海水物理、化學與生物豐富度 153
4.2.1 海水溫度鹽度與生物豐富度 153
4.2.2 海水pH氨氮與生物豐富度 154
4.3 小結 156
第五章 RPI與HSI 157
5.1 河川污染指數RPI 157
5.2 棲地適宜性指數HSI 160
5.3 RPI與HSI公式模組化 163
5.4 小結 165
第六章 結論與建議 166
6.1 結論 166
6.2 建議 171
參考文獻 175
附表I 高雄海域生態資源 181

一、英文部分
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