印尼在獨立以來近60年，其間歷經多次政治體制的變革，如今已朝向民主化邁進。在印尼政治歷程當中，印尼的文武關係始終扮演著關鍵性的角色，軍隊從獨立前的反抗殖民主義與帝國主義的建國戰爭到冷戰時期的東、西意識型態對抗，如今隨著時空的變遷，軍隊在國內民主化的聲浪中要求退出政治。
從獨立戰爭時期，印尼軍隊扮演著救國救民的角色，在民族主義的信念之下挺身對抗荷蘭的統治。建國以後印尼建立起議會民主體制，無奈政黨的開放反造成政治的紊亂，蘇卡諾左傾的意識型態也造成軍方的不安，在內外交織的因素下軍方大膽政變，並成功登上政治舞台，也開始印尼的蘇哈托威權統治時期。
在蘇哈托時期，印尼軍隊隨著威權體制向印尼的政治、經濟以及社會層面紮根，成為唯一能夠左右國家動向的團體。威權體制一向以標榜經濟成長為合法性來源，然而隨著軍隊的掌控，經濟體系的千瘡百孔在97亞洲金融風暴之下一發不可收拾，在喪失合法性之後，隨之而來的民主化呼聲，使得蘇哈托下台，軍人退出政治，接受文人統治。到如今，印尼以經歷四任民選總統，並在2004年實施全國性的直接選舉，印尼成為民主化國家。而印尼要達到真正的文人統治，仍須透過軍事專業主義對軍隊實施軍事專業化，並且穩定國內情勢。

Since the independence of Indonesia in 1945, Indonesia has experienced several changes during the last sixty years and is now moving towards democratization. Of these political changes, Indonesia's civil-military relationship has always played a key role. During the era of Cold War, Indonesia’s military were fighting against colonial power and facing the ideological confrontation. As political changes are going on, the military is asked to get out of political system in Indonesia.
During the war of Independence, Indonesia’s military played a role to save the country, they fought against the Dutch under the belief of nationalism. Indonesia's parliamentary democracy in the 1950s caused political disorder. Sukarno’s leftist ideology has also caused the military unrest. With both internal and external factors, military coup happened in September 1965, which result in the region of authoritarian rule of Suharto.
During the Suharto era, Indonesia's military penetrated in political, economic and social areas in Indonesia. The military became the supreme power that controlled the country. Indonesia's economic growth was claimed to be as a source of legitimacy for Suharto’s regime. Indonesia’s economy was almost collapsed of the financial crisis in 1997. As Mr.Suharto is losing his ruling legitimacy in Indonesia, it’s made Suharto step down in May 1998. Indonesia’s military then began to change. Indonesia has experienced four presidential elections, and regarded as a democratic state. But, if Indonesia wants to achieve a true civilian control over the military still, further military professionalism has to be done.

目次
論文審定書 I
誌謝 II
摘要 III
Abstract IV
目次 VI
圖次 VII
表次 VII
第壹章 緒論 1
第一節 研究背景、研究動機與研究目的 1
第二節 研究途徑、研究範圍與研究限制 3
第三節 章節安排 4
第四節 研究方法與研究架構 4
第五節 文獻回顧 7
第貳章 文武關係理論 17
第一節 文武關係－定義及研究現況 18
第二節 軍人干政觀點的文武關係 22
第三節 民主國家文武關係 27
第四節 文人統治(civilian control)觀點的文武關係 32
第五節 軍事專業主義的文武關係 37
第六節 小結 41
第參章 印尼獨立前到蘇哈托時期的文武關係 43
第一節 獨立前的印尼 44
第二節 蘇卡諾時期的文武關係 48
第三節 蘇哈托新秩序時代 56
第四節 小結 70
第四章 民主化時期的文武關係 73
第一節 後蘇哈托時代的民主轉型期 74
第二節 尤多約諾(Susilo Bambang Yudhoyono)時期(2004-) 81
第三節 國外因素的影響 86
第四節 小結 91
第伍章 結論 94
第一節 研究結論與發現 94
第二節 研究建議 100

一、中文部分
(一) 專書
1. 田弘茂、朱雲漢、Larry Diamond、Plattner Marc 主編，1997。《鞏固第三波民主》。臺北：業強。
2. 金榮勇，2000。《東南亞國家的軍方轉型-印尼、泰國及緬甸軍事政府的個案研究》。台北，志一出版社。
3. 洪陸訓，1999。《軍事社會學－武裝力量與社會》。臺北：麥田。
4. 洪陸訓，2005。《軍事政治學－文武關係理論》。臺北：五南。
5. 洪陸訓，段復初編，2002年。《軍隊與社會關係》。臺北：時英。
6. 張錫鎮，1999。《東南亞政府與政治》。台北：楊智文化。
7. 湯世鑄，1996。《拉丁美洲軍人政權之研究》。臺北：知書房。
8. 趙建民，1994。《威權政治》。臺北：幼獅。
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10. 顧長永，2000。《東南亞政府與政治》。臺北：五南出版社。
11. 顧長永，2002。《印尼：政治經濟與社會》。高雄：復文。
12. 顧長永，2005。《東南亞政治學》。台北：巨流。
13. 顧長永等，2010。《亞太經貿市場》。台北：文化。

(二) 專書譯著
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(三) 期刊論文
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(四)學位論文
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二、英文部分
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(二) 期刊論文
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3. HASEMAN J B, 2002. “National Interests and Mil-to-Mil Relations with Indonesia,” Joint Force Quarterly, Autumn , pp. 19-43.
4. Bilveer Singh, 2003/12. “The 2004 Presidential Elections in Indonesia : Much Ado About Nothing?,” Contemporary Southeast Asia, Vol.25, No.3, p.431-448.
5. Kim Yong Cheol, Liddle R. William, and Salim Said, 2006. “Political Leadership and Civilian Supremacy in Third Wave Democracies: Comparing South Korea and Indonesia,” Pacific Affairs, Vol. 79, No. 2, pp. 250-267.

(四) 網際網路
1. Finer Samuel Edward, 2002. The Man on Horseback: The Role of the Military in Politics, <http://books.google.com/books?id=4lhgDBDWw3AC&printsec=frontcover&hl=zh-TW#v=onepage&q&f=false>。