生物多樣性及海洋生態保育的觀念愈來愈受到重視，台灣海洋保護區的概念雖然發展較晚，各類型的保護區增設數量也逐漸增加，但目前卻無一套設立保護區的程序或流程，所有的管理機制及行政命令幾乎都是由上而下，保護區的保育經費低落，造成監控和復育的狀況容易因為經費的短缺而停擺，無法有效執行後續的監測調查與管理維護工作，故雖設立了保護區，往往卻變成了紙上公園(Paper Park)，無法有效的落實其完整性，達到設置保護區的預期效果。
本研究除蒐集保護區文獻，也參考加拿大與澳洲針對海洋保護區的規劃所制訂的選址流程等相關管理機制，探討國內案例以找出台灣對規劃保護區的癥結，綜合澎南四島資料調查報告，運用地理資訊系統(GIS)空間分析的方法，呈現生物資源區域分佈，估算澎湖縣政府與行政院海巡署目前於澎南四島周邊海域之管理經費，最後藉由問卷訪談分析遊客及當地居民對澎南四島劃設為海洋國家公園此項議題的看法與意見。結果發現，澎南四島的生物資源調查報告目前只有短期在三海里海域內的調查，缺乏長期的研究與監測。雖然當地居民對於劃設海洋保護區保有正面看法，仍認為需要有完善的管理措施和嚴格執法能力才能確實保護當地的海洋生態環境及資源並保有生物多樣性與永續發展。本研究參考加拿大海洋保護區選址過程，認為目前澎南四島的規劃尚不符合選址過程，存在需待釐清與施行的流程細項。本研究將以上研究結果羅列可能造成保護區設立影響因子，包括公部門權責之間的關係、周圍區域條件和社會經濟的發展、海洋生態環境與資源和漁業活動等多方面的整合性考量，提出建議期望供相關單位參考，以確保海洋保護區可達永續發展之目標。

The protection and biodiversity of marine ecosystem become major concerns in the world. Taiwan is also increasingly interested in the establishment of marine protected areas, but it still lack of the scheme on “how to perceive the process for the protected areas”. The establishment of a protected area is all by the top down without a full planning for a proper managed mechanism, evaluation and assessment to the site. The lack of the funds from the government often causes the failure of monitoring and restoration to the protected site. These problems have caused unprovent from imappropiate management to the established protected areas or have made the protected site as a paper park by the administration.

This study searches the literatures with regards to the planning processes and the site selection process of marine protected areas in Canada and Australia. The objective of the present study is initiated to determine and survey the problems of marine protected area (MPA) planning in Taiwan. The select sites for the present studies are the proposed MPA site “Four Southern Island” and other established MPA sites in Penhu. The approaches for assessing the sites include the geographic information system (GIS) spatial analysis method for the aquatic resources and their distributions. Data collections consist of the funding sources for managing the MPA sites and the proposed planning for the delimitation of MPA at the shore areas. The biological information around the sites was assessable for the evaluation process in addition to the management scheme in the future requirement at the Four Southern Islands site. The current expanses supported by the Penhu county government and the Executive Yuan Coast Guard was used for comparing with the proposed budgets needed for the MPA sites. The results showed that the Four Southern Islands has not met with the requirements and guidelines as a MPA due to the lack of scientific survey on the distributions of aquatic species within the proposed 3 nm delimitation. A long-term research and monitoring of the resources shall be performed to evaluate the sites prior to be announced as a designate MPA site. Although local residents agreed positively about the important of MPA site establishment through the questionnaire and interviews, there is still the need to improve management practices and more strict law enforcement capacity to ensure the protection of the marine environment for achieving a sustainable development. The survey results have been made to the process of site selection of marine protected areas according to Canada, suggesting that the current planning of the Four Southern Islands in Penghu does not match the site selection process. There need to be clarified with the details of the implementation process. In the end, above finding may impact the establishment of protected areas, including the relationship between public sector’s responsibilities, and socio-economic conditions of the surrounding area development, marine environment and resources and fishing activities and other aspects of the integration considerations. These are expected to be the important conditions for the recommendations for the MPA site selection and to ensure the sustainable development of marine environment.

謝誌................................................................................................................................... i
中文摘要...........................................................................................................................ii
英文摘要......................................................................................................................... iii
表目錄............................................................................................................................ vii
圖目錄........................................................................................................................... viii
第一章 緒論...................................................................................................................1
第一節 研究動機................................................................................................ 1
第二節 研究目的................................................................................................ 2
第三節 研究架構................................................................................................ 3
第四節 研究方法與流程.................................................................................... 4
第二章 海洋保護區文獻回顧...................................................................................... 7
第一節 海洋保護區之目的與發展.................................................................... 7
第二節 海洋保護區之規劃管理制度.............................................................. 12
第三節 我國海洋保護區管理制度.................................................................. 20
第四節 小結...................................................................................................... 26
第三章 海洋保護區案例探討.................................................................................... 31
第一節 澳洲大堡礁.......................................................................................... 31
第二節 加拿大Sable Gully海洋保護區......................................................... 39
第三節 台灣墾丁國家公園.............................................................................. 47
第四節 小結...................................................................................................... 51
第四章 澎湖已設立之保護區管理探討.................................................................... 53
第一節 澎湖保護區背景介紹.......................................................................... 55
第二節 澎湖保護區管理方式.......................................................................... 58
第三節 澎湖保護區之訪談分析...................................................................... 71
第四節 小結...................................................................................................... 85
第五章 澎湖南方四島環境概況................................................................................ 87
第一節 澎南四島基本資料.............................................................................. 89
第二節 澎南四島環境陸域背景介紹.............................................................. 96
第三節 澎南四島周邊海域生態資源概況...................................................... 99
第四節 澎南四島周邊海域漁業資源調查.................................................... 114
第五節 小結.................................................................................................... 117
第六章 澎南四島劃設海洋國家公園之分析探討.................................................... 125
第一節 澎湖保護區成本分析........................................................................ 125
第二節 經濟開發對生態環境影響與管理之分析........................................ 139
第三節 居民對設立海洋國家公園之意見訪談............................................ 146
第四節 小結.................................................................................................... 155
第七章 結論與建議.................................................................................................. 157
第一節 結論...................................................................................................... 157
第二節 建議........................................................................................................ 161
參考文獻...................................................................................................................... 166
附錄.............................................................................................................................. 173

一、 中文部分
(一) 書籍、期刊、報紙
1. 行政院研究發展考核委員會(2001)，海洋白皮書，台北市: 行政院研考會。
2. 行政院研究發展考核委員會(2006)，海洋政策白皮書，台北市: 行政院研考會。
3. 行政院海岸巡防署(2007)，海巡白皮書，台北市:海巡署。
4. 李永適(1999)，消失的台灣珊瑚，台灣:大地地理。
5. 林長興等著(2000)，澎湖縣生態保育手冊，澎湖縣馬公市:澎湖縣政府。
6. 邵廣昭、鄭又華，中央研究院生物多樣性研究中心(2011)，大自然雜誌，第111期。
7. 海洋國家管理處(2009)，其他潛在海洋型國家公園介紹，海洋國家公園通訊，第7期。
8. 教育部(2007)，海洋教育政策白皮書，台北市: 教育部。
9. 肇瑩如(2010年04月21日)，澎湖南方四島擬設國家公園，聯合報，B2版。
10. 劉淑玲(2006)，澎湖縣地質公園: 自然地景與生態保育篇，澎湖縣馬公市: 澎湖縣政府。


(二) 研究報告
1. 三能工程顧問有限公司(1999，6月)，南海遊憩系統(望安、虎井、桶盤)據點細部規劃，澎湖縣馬公市: 交通部觀光局國家風景區管理處。
2. 中華民國戶外遊憩學會(2003)，澎湖國家風景區遊客調查曁旅遊人次推估模式建立規劃，澎湖縣馬公市 : 交通部觀光局澎湖國家風景區管理處。
3. 中華民國珊瑚礁學會(2009)，澎湖南方東嶼坪、西嶼坪、東吉嶼及西吉嶼四島周邊海域生態資源調查，海洋國家公園管理處委託辦理計畫。
4. 中華民國國家公園學會(2009)，澎湖南方四島及周邊島嶼陸域生態資源及地形地質景觀資源調查，海洋國家公園管理處委託辦理計畫。
5. 內政部國家公園計畫委員會(2010)，澎湖南方四島海洋國家公園可行性評估及範圍劃設說明書草案附錄。
6. 內政部營建署(2007)，東沙海洋生態系經營管理之長期規畫成果報告。
7. 王穎、陳翠蘭(1987)，澎湖貓嶼海鳥保護區之可行性研究，行政院農業委員會，台北。
8. 出席生物多樣性公約第十屆締約方大會會議報告(2011)。
9. 行政院研究發展考核委員會(2010)，2008年海洋發展指標之調查。
10. 洪國雄(1992)，澎湖群島野生植物調查，澎湖自然文化景觀文化調查(二)-81年保育-01(49)號，行政院農業委員會。
11. 海洋國家公園管理處(2009)，東沙環礁國家公園生態旅遊發展規劃。
12. 財團法人台灣發展研究院(2009)，澎湖縣島嶼資源調查及開發評估先期計畫。
13. 國家災害防救科技中心(2008，6月)，澎湖海域2008年寒害分析報告，教育部地理科學中心電子報第040期。
14. 歐慶賢（2007），澎湖山水里發展休閒農業區整體規劃期末報告初稿，澎湖縣農漁局。
15. 澎湖縣97年度國民教育輔導團精進課堂教學能力計畫(2008)。
16. 澎湖縣政府(1997) ，澎湖縣政府文化發展部計畫。
17. 澎湖縣政府(1997)，澎湖縣綜合發展計劃報告書。
18. 澎湖縣政府(2004)，澎湖縣綜合發展計畫，第一版。
19. 澎湖縣政府，澎湖縣海洋生態與漁業資源保育與經營管理計畫－離島漁業資源管理永續經營計畫，100年度項目工作計畫書。
(三) 論文
1. 余金源(1981) 台灣南部海域水團之研究，國立台灣大學海洋研究所碩士論文。
2. 沈政翰(2011)，海洋保護區的規劃-以龜山島為例，國立中山大學海洋環境與工程學系碩士論文。
3. 林佩蓉(2008)，南台灣海洋保護區之研究，國立中山大學海洋事務所碩士論文。
4. 施義哲(2002)，我國保護區政策-其必要性與加拿大海洋法相關規定之比較研究，國立中山大學海洋環境及工程學系碩士論文。
5. 陳欣榮(1987)，建立我國海洋保護區體系之初步研究，國立中山大學海洋環境研究所碩士論文。
6. 陳金陵(2006)，我國漁業資源保育區規劃與管理之研究，國立台灣大學環境生物與漁業科學學系碩士論文。
7. 章榮茜(2001)，海洋生物多樣性保育與管理法律制度之研究，國立台灣海洋大學海洋法律研究所碩士論文。
8. 閔志偉(2001)，台灣海洋環境的永續管理-以墾丁國家公園建構海洋保護區為例，南華大學環境管理研究所碩士論文。
9. 黃弘祺(2007)，國土空間規劃中海域範圍及功能區劃之研究，國立中山大學海洋環境與工程學系碩士論文。
10. 趙榮台(2001.12)，蛻變的國家公園管理，國家公園生物多樣性保育策略之研究與生物多樣性保育策略研討會論文集。
11. 劉國信(2007)，國家公園經營管理之探討-以墾丁國家公園為例，靜宜大學生態學系碩士論文。
12. 鄭鴻博(2006)，遊客對墾丁國家公園海域遊憩活動滿意度之研究，國立台東大學體育學系體育教學碩士論文。
二、 英文部分
1. Fisheries and Oceans Canada (1999), National Framework for Establishing and Managing Marine Protected Areas: A Working Document.
2. GBRMPA (2004), Great Barrier Reef Marine Park zoning plan 2003, Great Barrier Reef Marine Park Authority, Townsville, Australia.
3. Glen S. Jamieson and Colin O. Levings, 2001, Marine protected areas in Canada-implications for both conservation and fisheries management. Can. J. Fish. Aquat. Sci. 58: 138-156.
4. Graeme Kelleher and Richard Kenchington (1992) Guidelines for Establishing Marine Protected Areas.
5. Graeme Kelleher(1999) Guidelines for Marine Protected Areas. Best Practice Protected Area Guidelines Series No.3 .
6. Great Barrier Reef Marine Park Authority (2005), Report on the Great Barrier Reef Marine Park zoning plan 2003,Australia: Great Barrier Reef Marine Park Authority.
7. IUCN(1994b),Guidelines for Protected Area Management Categories. CNPPA with the assistance of WCMC. Gland, Switzerland and Cambridge, UK: IUCN.
8. Kelleher, G. (1999), Guidelines for Marine Protected Areas. IUCN, Gland, Switzerland and Cambridge, UK.
9. Leanne Fernandes, Jon Day, Adam Lewis.etc (2005): Establishing Representative No-take Areas in the Great Barrier Reef: Large-Scale Implementation of Theory on Marine Protected Areas. Conservation Biology 1733-1744.
10. Nigel Dudley (2008), Guidelines for applying protected area management categories. IUCN, Gland, Switzerland, UK.
11. Williams M (1997) Social Surveys Design to Analysis In: T. May (Ed.) Social Research Issues, Methods and Process. Buckingham: Open University Press.
三、 網站
1. Fisheries and Oceans Canada: http://www.dfo-mpo.gc.ca/oceans/marineareas-zonesmarines/mpa-zpm/atlantic-atlantique/gully-eng.htm ，2011年3月2日
2. 墾丁國家公園管理處，線上檔管-公文書: http://www.ktnp.gov.tw/cht/document01.aspx?Official_docID=17 ，2011年5月30日
3. 自然資源與生態資料庫，農委會林務局。http://econgis.forest.gov.tw/wr/wr06_wanan.htm，2010年10月18日。
4. 澎湖縣文化局網站，http://lohas.phhcc.gov.tw/Articles.asp?marticleid=81&btgo=%E6%9F%A5%E8%A9%A2&mpmid=5&mpsid=8&lmenuid=2&smenuid=3&tab=1，2010年10月18日。
5. 中國時報，93年12月29日，潘勛�綜合外電報導 http://forums.chinatimes.com/report/Tsunami/Notices/93122914.htm ，2011年4月27日。
6. 澎湖地景資源網，http://landscape.phc.edu.tw/landscapes/south_islands.htm ，2011年5月3日。
7. 澎湖縣政府統計要覽94-98年，http://www.penghu.gov.tw/10auditing/11job/page.asp?fid=91 ，2011年5月19日。
8. 中華民國台閩地區漁業統計年報94-98年，http://www.fa.gov.tw/pages/list.aspx?Node=82&Type=1&Index=11 ，2011年3月29日。

四、 法條、公文
1. 國家公園法
2. 漁業法
3. 海岸法(草案)
4. 文化資產保存法
5. 野生動物保育法
6. 海岸巡防法
7. 發展觀光條例
8. 澎湖縣貓嶼海鳥保護區澎湖縣政府公告文，中華民國86年4月23日，八六澎府農漁字第22616號。
9. 澎湖縣望安島綠蠵龜產卵棲地保護區公告文，中華民國84年1月17日，八四澎府農漁字第01472號。
10. 澎湖玄武岩自然保留區公告文，中華民國81年3月12日，八一農林字第1030060A號經(81)字第082034號。
11. 澎湖南海玄武岩自然保留區公告文，中華民國98年9月15日，府授農保字第09835011342號。
12. 《西吉遷村計畫》，澎湖縣政府，68.08.21府民行字第25394號函。
13. 中華民國86年海軍水道圖-澎湖群島，海軍海洋測量局刊行。