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博碩士論文 etd-0717102-154451 詳細資訊
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論文名稱
Title
使用模擬退火法求解肌紅蛋白的結構
Using Simulated Annealing Method to Resolve the Structure of Myoglobin
系所名稱
Department
畢業學年期
Year, semester
語文別
Language
學位類別
Degree
頁數
Number of pages
50
研究生
Author
指導教授
Advisor
召集委員
Convenor
口試委員
Advisory Committee
口試日期
Date of Exam
2002-06-28
繳交日期
Date of Submission
2002-07-17
關鍵字
Keywords
模擬退火法、肌紅蛋白、螺旋結構、蛋白質
simulated annealing, protein, α-helix, Myoglobin
統計
Statistics
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中文摘要
蛋白質的α螺旋結構非常近似圓柱,尤其是抹香鯨肌紅蛋白的大部分結構為α螺旋(約70%)結構,因此我們以多個圓柱體近似肌紅蛋白的三級結構,再使用模擬退火法來求得圓柱結構,並且加入Metropolis算法防止掉入局部最佳化解,以建立肌紅蛋白三級結構解析之新方法。
Abstract
The α-helix structure of protein is very similar to the cylindrical structure. Especially, the Sperm-Whale Myoglobin molecules has 70% α-helix structure. Therefore, we use simulated annealing method to solve “X-ray phase problem”, and apply Metropolis algorithm to avoid local minimum. We hope that the new method can build α-helix structure of Sperm-Whale Myoglobin molecule.
Therefore, we use multi cylinders as the Myoglobin’s tertiary structure and solve the cylinder’s structure with the simulated annealing method.


目次 Table of Contents
―――――― 目錄 ――――――
第一章 前言……………………………………………………………1

第二章 蛋白質
2-1 去氧核醣核酸和氨基酸………………………………………………………4
2-2 α螺旋(α-helix)結構 ………………………………………………………6
2-3 蛋白質四級結構………………………………………………………………7
2-4 抹香鯨肌紅蛋白………………………………………………………………9

第三章 模擬退火法
3-1 退火法程序 …………………………………………………………………10
3-2 模擬退火法 …………………………………………………………………12
3-3 Metropolis算法………………………………………………………………14
3-4 使用模擬退火法求解分子晶體結構 ………………………………………17
3-4-1 X-ray相位問題………………………………………………………17
3-4-2 X-ray繞射強度求解分子晶體結構原理……………………………17
3-4-3 求解分子晶體結構的模擬退火程序 ………………………………18

第四章 模擬退火法用在解肌紅蛋白的結構
4-1 圓柱體的散射理論 …………………………………………………………23
4-2 轉換矩陣 ……………………………………………………………………26
4-3 解蛋白質(抹香鯨肌紅蛋白)-螺旋結構的方法 …………………………30
4-3-1 執行模擬退火法的先前預備工作 …………………………………30
4-3-2 模擬退火演算法流程 ………………………………………………37

第五章 結果與討論
5-1模擬產生的X-ray繞射資料結果……………………………………………43
5-2實驗產生的X-ray繞射資料結果……………………………………………47
第六章 總結……………………………………………………………49
參考書目 ………………………………………………………………50
參考文獻 References
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