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論文名稱 Title |
使用模擬退火法求解肌紅蛋白的結構
Using Simulated Annealing Method to Resolve the Structure of Myoglobin |
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系所名稱 Department |
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畢業學年期 Year, semester |
語文別 Language |
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學位類別 Degree |
頁數 Number of pages |
50 |
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研究生 Author |
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指導教授 Advisor |
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召集委員 Convenor |
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口試委員 Advisory Committee |
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口試日期 Date of Exam |
2002-06-28 |
繳交日期 Date of Submission |
2002-07-17 |
關鍵字 Keywords |
模擬退火法、肌紅蛋白、螺旋結構、蛋白質 simulated annealing, protein, α-helix, Myoglobin |
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統計 Statistics |
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中文摘要 |
蛋白質的α螺旋結構非常近似圓柱,尤其是抹香鯨肌紅蛋白的大部分結構為α螺旋(約70%)結構,因此我們以多個圓柱體近似肌紅蛋白的三級結構,再使用模擬退火法來求得圓柱結構,並且加入Metropolis算法防止掉入局部最佳化解,以建立肌紅蛋白三級結構解析之新方法。 |
Abstract |
The α-helix structure of protein is very similar to the cylindrical structure. Especially, the Sperm-Whale Myoglobin molecules has 70% α-helix structure. Therefore, we use simulated annealing method to solve “X-ray phase problem”, and apply Metropolis algorithm to avoid local minimum. We hope that the new method can build α-helix structure of Sperm-Whale Myoglobin molecule. Therefore, we use multi cylinders as the Myoglobin’s tertiary structure and solve the cylinder’s structure with the simulated annealing method. |
目次 Table of Contents |
―――――― 目錄 ―――――― 第一章 前言……………………………………………………………1 第二章 蛋白質 2-1 去氧核醣核酸和氨基酸………………………………………………………4 2-2 α螺旋(α-helix)結構 ………………………………………………………6 2-3 蛋白質四級結構………………………………………………………………7 2-4 抹香鯨肌紅蛋白………………………………………………………………9 第三章 模擬退火法 3-1 退火法程序 …………………………………………………………………10 3-2 模擬退火法 …………………………………………………………………12 3-3 Metropolis算法………………………………………………………………14 3-4 使用模擬退火法求解分子晶體結構 ………………………………………17 3-4-1 X-ray相位問題………………………………………………………17 3-4-2 X-ray繞射強度求解分子晶體結構原理……………………………17 3-4-3 求解分子晶體結構的模擬退火程序 ………………………………18 第四章 模擬退火法用在解肌紅蛋白的結構 4-1 圓柱體的散射理論 …………………………………………………………23 4-2 轉換矩陣 ……………………………………………………………………26 4-3 解蛋白質(抹香鯨肌紅蛋白)-螺旋結構的方法 …………………………30 4-3-1 執行模擬退火法的先前預備工作 …………………………………30 4-3-2 模擬退火演算法流程 ………………………………………………37 第五章 結果與討論 5-1模擬產生的X-ray繞射資料結果……………………………………………43 5-2實驗產生的X-ray繞射資料結果……………………………………………47 第六章 總結……………………………………………………………49 參考書目 ………………………………………………………………50 |
參考文獻 References |
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電子全文 Fulltext |
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