本文探討分析我國海洋事務管理，根據新制度的研究途徑，應從國際精神與實踐，海洋事務的歷史沿革，及人類理性行動三方面著手。二十一世紀議程、聯合國海洋公約、與主要海洋國家之海洋政策所形塑的海洋治理精神和實踐，以做為我國海洋事務管理的經緯；台灣長期忽略海洋國土，而在海洋立國的發展過程中，相關海洋事務管理權責分散於各部會，以致海洋事務專責機構歷經二十年方將於2012年成立海洋委員會；依人類理性計算和相關決策者、體制與策略的互動模式，本研究探討海洋委員會成立之轉型，可能是未來海洋事務管理最嚴的挑戰。
我國海洋事務管理精神必須與國際接軌，尤其面臨周邊海域情勢日益複雜，與地方政府即將建立海洋相關事務管理之時，當前草擬的海洋委員會將面對難以處理且紛雜之海洋事務。因此，朝向具有主導權之海洋部將是未來努力的方向，而非僅是協調性之功能，海洋部特質宜著重內部細膩分工之組織架構，中央與地方權責必須劃分清楚。最後，藉由廣泛甄補與培育海洋事務人才，將有助於海洋委員會和海洋部之運作，以處理我國海洋事務。

The present work is initiated to study the history perspectives of marine affairs and the organization structure of government for dealing with the ocean matter in Taiwan. According to neo-institutionalism approach, the ocean affairs must be managed and manipulated by the followed aspects: the international spirits and practices, the history of Taiwan ocean affairs, and the human rational actions. The international spirits and practices should be based upon with the current ocean governance, Agenda 21, United Nations Convention on the Law of the Sea (UNCLOS), and marine policies of major nations. These should be adapted into the bases of Taiwan ocean policies. Taiwan has long neglect overlooked the ocean by ignoring territorial waters, it has only with slogan of ocean country for the time being. The government has not made the clear responsibilities of ocean affairs among within the departments. Up to now it is still the Council of Ocean Affairs which will be established till 2012. Considering the rational choice, the establishment and transformation is still the hardest challenge for the management of ocean affairs.
This thesis concludes that it would be best interest for the government to integrate the management spirit of marine affairs with international practice, because the affairs of surrounding ocean are increasingly complex. The current draft organization structure on the Council of Ocean Affairs could not easy to deal with sophisticated ocean affairs. Therefore, the Council of Ocean Affairs should be shaped to getting more dominant power instead of coordination power. The Department of Ocean is needed to handle the marine affairs instead of the Council of Ocean Affairs. Finally, extensive funding for affiliation and training human resource related to the establishment of the Council of Ocean Affairs will be beneficial to the ocean governance.

中文摘要 …………………………………………………… I
英文摘要 …………………………………………………… II
目錄 ………………………………………………………… IV
圖表目錄 …………………………………………………… VI
第一章 緒論 ………………………………………………… 1
第一節 研究動機 …………………………………… 2
第二節 研究目的 …………………………………… 3
第三節 研究途徑與方法 ………………………………… 5
第四節 研究範圍與流程 ……………………………… 9
第二章 國際海洋事務現況 ………………………………… 12
第一節 國際海洋事務管理的精神 ……………………… 14
第二節 國際海洋政策管理機制 ……………………… 21
第三節 台灣周邊海洋事務情勢 ……………………… 48
第四節 國際海洋事務對台灣的意涵 ………………… 60
第五節 小結 ……………………………………………… 64
第三章 我國海洋事務 …………………………………… 66
第一節 台灣海洋政策簡史 …………………………… 66
第二節 中央海洋事務管理體制 ……………………… 72
第三節 外在環境壓力的需求 ………………………… … 82
第四節 小結 …………………………………………… … 85
第四章 我國地方海洋事務 ………………………………… 87
第一節 權責的劃分 …………………………………… 88
第二節 地方海洋事務及組織 …………………………… 92
第三節 中央與地方的交互關係 ……………………… 98
第四節 小結 ……………………………………………… 104
第五章 台灣海洋事務組織規劃 …………………………… 105
第一節 海洋管理組織的型態 …………………………… 105
第二節 海洋事務專責組織的緣起 ………………… 110
第三節 海洋事務專責機關發展走向 ………………… 119
第四節 海洋事務組織規劃 …………………………… 121
第五節 小結 …………………………………………… 144
第六章 結論與建議 ………………………………………… 146
第一節 研究結論 ………………………………………… 147
第二節 政策建議 ……………………………………… 150
參考文獻與書目 …………………………………………… 153

書目
海岸管理：理論與實務，邱文彥，台北市，南圖書，2003 年。
海洋法論，陳茘彤，台北市，元照，2002 年。
國際海洋法論，陳茘彤，台北市，元照，2008 年。
海洋政策白皮書，行政院研究發展考核委員會，台北市，行政院研考會，民95年。
國家海洋政策綱領，參見海巡署網頁，民97 年。
海巡白皮書2007，行政院海岸巡防署，台北市，海巡署，2007 年。
海洋政策：理論與實務研究，胡念祖，台北市，五南圖書，民86 年。
海洋管理的法律問題＝Ocean management and law，傅崐成，台北市，文笙，民92 年。
國際海洋法，黃異，台北，渤海堂文化公司，民81 。
國際海洋法上冊，姜皇池，臺北，學林文化，民93 年。
我國海洋事務專責機構之設計與定位，胡念祖研究主持，台北市，行政院研考會，民82 年。
美國海洋政策，張玉生，台北市，黎明文化，民81 年。
國家主權與海域執法，尹章華，台北市，文笙，民92 年。
我國海域法規彙編，崔延紘/尹章華，台北市，文笙，民89 年。
海巡署成長與變革，游乾賜，台北市，黎明文化，2006 年。
台灣海洋，許惠祐主編；行政院海岸巡防署，台北市，2005 年。
現代國際法，崔宗和，世宗出版社，2002 年。
台灣21 世紀議程：國家永續發展願景與策略綱領，行政院經濟建設委員會，2004。
海洋事務法典，行政院海岸巡防署，台北，2008 年。
南海各方行為宣言，行政院海岸巡防署，200 年。
南海諸島領土之端之經緯與法理─兼論東海釣魚台列嶼之主權問
題，俞寬賜，國立編譯館，台北，2000 年。
南海諸島之發現、開發與國際衝突，陳鴻瑜，國立編譯館，台北，1997年。
我國應有的南海戰略，楊志恆等著，業強出版社，台北，1996 年。
中華民國的南海政策，林正義，載於楊志恆等著，《我國應有的南海戰略》業強出版社，台北，1996 年。
中華民國在亞太地區海上安全合作中的適當角色＜99 年度海洋與國防論壇＞，周秋隆、洪慧芳、張歆甜，國防部，台北，2010 年。
英文期刊、書籍
Council on Environmental Quality Executive Office of the President. 2007. A Citizen’s Guide to the NEPA: Having Your Voice Heard. Washington, D.C.: Executive Office of the President of the United States.
U.S. Commission on Ocean Policy. 2004. An Ocean Blueprint for the 21st Century. Washington, D.C.: U.S. Commission on Ocean Policy.
U.S. Commission on Ocean Policy. 2006. U.S. Ocean Action Plan. Washington, D.C.: U.S. Commission on Ocean Policy.
Theda Skocpol, State and Social Revolutions: A Comparative Analysis of France, Russia, and China (New York: Cambridge University Press, 1979)
David Marsh and Gerry Stoker. 1995. Theory and Methods in Political Science. New York: St. Martin’s Press.
Stephan Krasner. 1984. “Approaches to the State: Alternative Conceptions and Historical Dynamics,” Comparative Politics 16: 223-246.
McEvoy, Arthur F. 1986. The Fisherman’s Problem: Ecology and Law in the California Fisheries, 1850-1980. Cambridge: Cambridge University Press.
Vernberg, F. John and Winona B. Vernberg. 2001. The Coastal Zone: Past, Present, and Future. Columbia, S. C.: University of South Carolina Press.
Juda, Lawrence. 1996. International Law and Ocean Use Management: The Evolution of Ocean Governance. New York: Routledge.
Baylis, John and Steve Smith. 2005. The Globalization of World Politics. Oxford: Oxford University Press, 3rd ed.
Woolley, Peter J. 2005. Geography and Japan’s Strategic Choice: From Seclusion to Internationalization. Washington, D.C.: Potomac Book, Inc.
論文、計畫
胡念祖，公約國體制下的權利義務，行政院研考會。
宋燕輝、蔡錦玲，日本海洋政策發展與對策，行政院研考會。
郭容容，從海洋環境保護論生物多樣性之法制發展，國立台灣海洋大學海洋法律研究所碩士論文 。
葉光輝，我國專屬經濟海域暫定執法線相關問題之研究－以台日重疊海域為中心，國立中山大學海洋事務研究所。
尚容康，整合性海岸地區管理之回顧與前瞻：以高雄縣為例，國立中山大學海洋環境及工程學系研究所。
陳泰安，整性海岸地區管理之理念與我國海岸地區管理體制的建構，國立中山大學，海洋資源研究所，碩士論文 。
邱文彥，我國海洋產業資訊彙編專案計畫， 行政院環境保護署委託研究計畫（EPA-85-E3U3-03-20）。
邱文彥，海洋國土的願景與基本政策，《國土計畫海域之界定與規劃議題之研究》內政部營建署，台北，2005 年。
姜皇池，海洋事務統合法制之研究，行政院研究發展考核委員會。台北，2008年。
孫國祥，重新建構南海議題：司法解決之探討，亞太研究論壇，2003 年。
「海洋部應具備的使命與任務」會議，行政院海岸巡防署，民97 年。
海洋事務學程，教育部海洋教育先導型計畫，中山大學，民96 年。
海洋法政學程座談會，教育部海洋教育先導型計畫，海洋大學，民96 年。
海域二法制訂實錄，內政部，民91 年。
期刊
研考雙月刊，第二十四卷，第六期 。
環境教育季刊，第三十七期。
中國環保月刊，第十八期。
臺大法學論叢，第20 卷，第2 期。
臺灣海洋法學報，第4 卷，第2 期。
臺灣海洋法學報，第6 卷，第1 期。
臺灣海洋法學報，第7 卷，第1 期。
聯合國海洋公約，第三次海洋法會議，中文版。
漁業推廣第九十九期 。
律師雜誌316 期，民國95 年。
中國時報
聯合報
自由時報
網路資料
行政院海洋推動委員；http://www.cmaa.nat.gov.tw/。
行政院研究發展考核委員會會；http://www.rdec.gov.tw/mp.asp?mp=100。
行政院海岸巡防署；http://www.cga.gov.tw/GipOpen/wSite/mp?mp=999。
環境資訊中心；http://e-info.org.tw/。
聯合國海洋事務與海洋法 http://www.un.org/Depts/los/index.htm。
加拿大漁業及海洋部；http://www.dfo-mpo.gc.ca/index-eng.htm。
美國海洋政策委員會；http://ocean.ceq.gov/。
美國海洋暨大氣總署；http://www.noaa.gov/。
澳洲重要事務連接網；
http://www.environment.gov.au/coasts/international/links.html。
日本獨立行政法人海洋研究開發機http://www.jamstec.go.jp/j/。
馬蕭海洋政策白皮書；http://www.ma19.net/。
BBC 中文網；http://news.bbc.co.uk/chinese/trad/hi/。
奇摩新聞；http://tw.news.yahoo.com/。
自由電子報；http://www.libertytimes.com.tw/index.htm。
中時電子報；http://news.chinatimes.com/。
聯合新聞網；http://udn.com/NEWS/main.html。
新浪新聞網；http://news.sina.com.cn/.html
中央社即時新聞；http://www.cna.com.tw/。
台灣競爭力論壇；http://www.tcf.tw/。
法源法律網；http://db.lawbank.com.tw/FLAW/FLAWQRY01.asp。