虛擬藥物篩選的其中一個方法是用Docking來進行電腦模擬。從1980年左右開始研究至今，許多Docking的軟體相繼被研發出來，但由於這些軟體有著許多的缺點。目前常用的Docking軟體主要的缺點有：速度不夠快、剛性的蛋白質與活性化合物結構、準確率不佳、沒有考慮接合後的極化現象。導致虛擬藥物篩選目前仍然停留在輔助的角色
本次實驗利用新的方法來改善Docking的缺點。透過這個新的方法讓Docking過程獲得以下改善：速度更快、柔性的活性化合物與蛋白質結構、提高準確度。
在傳統中藥與憂鬱症相關蛋白質的測試中，本實驗將活性化合物擺放進活性位點之前，先針對活性位點的形狀來改變活性化合物的構型，使得活性化合物擺\放進蛋白質活性位點的構型更加合理，即使是構型較複雜、體積較龐大的活性化合物也可以成功的Docking進蛋白質的活性位點。
隨機位向的Docking實驗中，我們發現可能是活性化合物進入蛋白質的路徑。這些路徑為所有隨機位向Docking的活性位點串聯後的結果。我們猜測這些路徑如果被其他蛋白質或化合物佔據後，可能使得其他活性化合物無法順利進入蛋白質的活性位點。
加上側鍊鬆弛的Docking實驗中，我們利用旋轉扭轉角的方法來旋轉胺基酸側鍊，以達到鬆弛系統的目的。得到的結果與分子模擬的結果相當接近，且時間只需要約五分鐘，較分子模擬快了20倍以上。

Docking is one of the methods in virtual screeing. Studies from around 1980 to now, many docking software have been developed, but these software have many short comings. The software currently used for docking have many disadvantage: poor efficiency, rigid structure of the proteins and the ligands, poor accuracy, without the polarization after binding, leading virtual screening is still stuck in a supporting role.
Our experiment with new method improves those shortcomings of docking. With this new method, we obtain the following improvements in docking process: better efficiency, flexible structure of the proteins and the ligands, better accuracy.
In the depression-related protein docked with traditional Chinese medicine test. We change the conformations of ligands with the shapes of active sites before posing, this makes the conformation of complex much more reasonable, even more complicated, large ligands.
In the experiment of random sites docking, we found a possible path for compounds traveling into active sites. We illustrate a docking area by linking all possible docking sites. The lead compound may not successfully travel into active site when this area is occupied by other proteins or ligands.
In the docking experiment with side-chain rotation, we rotate the torsion angle to make side chains relax. We obtained a similar result with molecular dynamics, and saved a lot of time.

論文審定書 i
誌 謝 ii
摘 要 iii
Abstract iv
目 錄 v
圖 　次 vii
表 次 ix
第一章 簡介 1
1.1 前言 1
1.2 Docking（對接）簡介 2
1.3 本次實驗所用蛋白質與活性化合物簡介 4
第二章 實驗方法 5
2.1 AMBER力場 5
2.2 尤拉角 6
2.3 旋轉扭轉角鬆弛系統的方法 8
2.4 本實驗Docking的流程及細節 9
2.5 模擬用蛋白質與活性化合物 10
第三章 結果與討論 24
3.1 效能改善 24
3.2 中藥藥物與憂鬱症相關蛋白質Docking結果 24
3.3 隨機位向的Docking結果 32
3.4 加入側鍊鬆弛的Docking結果 35
第四章 結論 36
參考文獻 37
附錄 38
附表一 38
附表二 45

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