近幾年來，微生物的鑑定朝向快速而又準確的方式進行；質譜技術的新興發展，已開始應用於蛋白質體學的研究方面，其用在生化分子方面的研究，則是用來偵測複雜混合物，以作為分析生物指標的有效工具。一般以質譜技術來分析微生物的工具主要有兩種工具：一為基質輔助雷射脫附游離飛行時間質譜法（Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization/Time of Flight Mass Spectrometry；MALDI/TOF/MS），還有一些微生物的鑑定方式是以LC/ESI/MS（liquid chromatography electrospray ionization mass spectrometry）的方法來進行。
在本研究中第一部份為使用MALDI/TOF/MS來進行不同種的大腸桿菌，但是在實驗過程中發現有兩種大腸桿菌在質譜圖上看出的差異並沒有很大，倒置在區分菌種上的困難。第二部分則是利用LC/ESI/MS的方法來進行區分這兩種細菌，從結果中得知利用此方法雖然可以區分出這兩種大腸桿菌的差別，但是由於所得的訊號數太少所以在區分上可能會有爭論的地方。第三部份為使用液相層析結合基質輔助雷射脫附游離質譜儀來進行分析，在這一部份中首先探討的是此方法的再現性，我們使用兩批次在相同時間環境下培養的細菌做比較，以確定此方法是可行的。之後再將我們所要分析的樣品以這個方式進行研究。實驗結果告知我們以此方法可以區分這兩種菌種，未來期望此方法可以應用在其它微生物種上面

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壹、緒論...............................................................................................1
一、前言..........................................................................................1
二、基質輔助雷射脫附游離質譜法之背景介紹..........................4
1.MALDI/TOF的發展歷史...................................................... 5
2.MALDI的樣品製備與基質的特性........................................6
（1） 樣品製備...........................................................................6
（2） 基質的特性.......................................................................7
3.MALDI離子形成的機制.......................................................11
4.飛行時間質譜偵測器（Time of flight mass spectrometry）12
三、高效能液相層析結合質譜儀(HPLC/MS)的的發展..............16
1.、層析技術發展史的介紹...................................................16
2.、高效能液相層析與質譜儀的結合...................................17
四、細菌背景簡介...........................................................................22
1.細菌的特徵................................................................................22
2.細菌的生理學............................................................................24
3.腸道內之常在菌與病源菌........................................................25
(1).大腸桿菌（Escherichia coli）...........................................26
五、論文目標......................................................................................28
貳、材料與方法.....................................................................................31
一、菌株培養......................................................................................31
1.菌種來源.....................................................................................31
2.冷凍乾燥管之開封.....................................................................33
3.細菌菌株培養.............................................................................33
4.細菌菌種之保存.........................................................................34
二、基質輔助雷射脫附游離質譜法（MALDI-TOF）部份………34
1.儀器裝置......................................................................................34
2.基質及基質溶劑配製..................................................................34
三、液相層析質譜法(LC/MS)部份………...............................35
參、結果與討論.......................................................................................38
一、選擇適當的MALDI-TOF基質..................................................38
二、MALDI-TOF MS的分析…………………..………...................39
1.菌種的前處理.............................................................................39
2.以MALDI直接分析菌種………………...................................43
三、以LC/ESI/MS分析E.coli JM109和E.coli DH5a...................45
四、LC/MALDI-TOF MS分析……………………………………49

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