專利制度係衡量一個國家現代化之重要指標。自1949年台灣施行《專利法》以來，有關專利保護之問題層出不窮。早期發明人認為專利制度無法保護其發明而不願申請專利，公開其發明。如今，每年約有8萬件專利申請案件。可見，專利保護制度發展已相當普遍。然卻也因此產生其他問題，如專利授權比例低、專利審結期間過長等，顯現台灣專利行政制度仍有加以調整之必要。
因此，本研究以基本原理、行政組織、行政權限、行政救濟、行政監察之行政法的五大架構為主要研究方法，並兼採文獻探討法，以檢視台灣專利行政之現況，進而對現行專利行政法制提出調整方向之建議，期待台灣專利行政能更臻完善。

Patent is a significant sign of modernizing a country. Protecting patents has been a problem since the Patent Law was conducted in 1949. At initial stage, inventors were unwilling to register patent because that they thought their inventions would not be protected by the Patent system. Until now, there are about 80,000 applications every year. It is clear that the patent system has developed more completely. However, it produced new proplems with us. For instance, the percentage of patent licensing is too law; the examining procedure is too long. Therefore, the patent system still need to be revised.
In this research, the author reviewed the patent law and mechanisms on the basis of the five frameworks of administrative law, including Basic Principle, Administrative Organization, Administrative Competence, Administrative Remedy and Administrative Supervision, and literature review. For the purpose of improving Patent system, the researcher suggested that the Patent system should be revised.

第壹章 緒論 1
第一節 研究動機與目的 1
第一項 研究動機 1
第二項 研究目的 3
第二節 文獻探討 4
第三節 研究方法 7
第四節 研究範圍 14
第五節 研究限制 14
第貳章 台灣專利制度之基本原理 15
第一節 台灣專利制度之建制背景 15
第一項 台灣專利制度之社會面 15
第二項 台灣專利制度之經濟面分析 26
第三項 台灣專利制度之政治面 34
第四項 台灣專利制度之法制面 42
第二節 台灣專利制度與國際標準之比較 52
第三節 台灣專利制度之法治主義 61
一、概說 61
二、依法行政三原則 61
三、程序正義七原則 63
四、小結 69
第四節 本章結語 71
第參章 台灣專利行政法制之組織結構 75
第一節 台灣專利行政法制之行政組織 75
一、經濟部智慧財產局 75
二、經濟部技術處 76
三、行政院國家科學委員會 76
四、經濟部生物技術與製藥工業發展推動小組 77
五、實際案例 78
六、小結 79
第二節 台灣專利行政法制之經費 81
第三節 台灣專利專責機構之人員 83
一、智慧財產局人員設置 83
二、智慧財產法院人員之設置 88
第四節 本章結語 92
第肆章 台灣專利行政權限之研究 93
第一節 專利行政法制之行政調查 93
一、行政調查之定義與分類 93
二、台灣專利之行政調查 94
三、小結 97
第二節 專利行政法制之行政計畫 98
一、行政計畫之定義 98
二、「貫徹保護智慧財產權行動計畫」 98
三、「發明專利產業化推動方案」 99
四、「技術公開網路服務」 102
五、小結 103
第三節 專利行政法制之行政立法 105
一、行政立法之定義 105
二、台灣專利行政之法規命令 105
三、台灣專利行政之行政規則 107
四、小結 109
第四節 專利行政法制之行政處分 110
一、行政處分之定義 110
二、有關專利之行政處分 111
三、小結 115
第五節 專利行政法制之行政裁量 116
一、行政裁量之定義 116
二、專利行政之裁量 116
三、智慧財產局之職權探知權能 119
四、小結 119
第六節 專利行政法制之行政程序 121
一、行政程序之定義與目的 121
二、舉發程序中之更正申請 121
三、小結 124
第七節 專利行政法制之行政指導 125
一、行政指導之定義 125
二、跨國專利侵權訴訟指導 125
三、小結 127
第八節 專利行政法制之行政賞罰 128
一、行政賞罰之定義 128
二、專利權人之義務與處罰 128
三、非專利權人之義務與處罰 129
四、小結 130
第九節 本章結語 131
第伍章 台灣專利行政救濟之研究 133
第一節 台灣專利訴願前置程序 134
一、再審查 134
二、舉發 135
三、小結 136
第二節 訴願 138
一、訴願之意義 138
二、訴願之性質與功能 139
三、專利之訴願救濟 140
四、小結 141
第三節 行政訴訟 143
第一項 行政訴訟之種類 143
第二項 專利行政訴訟之和解 148
第四節 國家賠償 152
一、公務員執行職務行使公權力致生損害之賠償責任 152
二、公務員行使裁量權之國家賠償責任 154
三、相關案例 155
四、小結 156
第五節 司法違憲審查 158
一、司法違憲審查之目的與功能 158
二、人民聲請釋憲 158
三、專利相關之大法官解釋 159
四、大法官不受理之案件 160
五、小結 161
第六節 本章結語 162
第一節 概說 163
第二節 內控監察機制 165
第三節 外控監察機制 168
一、實務界專業人士之監督 168
二、小結 169
第四節 本章結語 171
第柒章 研究結論與建議 172
第一節 研究結論 172
第二節 建議 177
未來研究方向 180
參考文獻 181

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6. 2010/8/4。〈日設立智慧財產基金推動大學研發專利商品化〉，《教育部電子報》， <http://epaper.edu.tw/windows.aspx?windows_sn=6175>。
（三）期刊
1. 簡秀如，2011/3。〈專利舉發制度的變革〉，《理律雙月刊》， <http://www.leeandli.com/web/bulletin/artical.asp?id=4545 >。
2. 簡秀如，2010/9。〈專利舉發程序中之申請專利範圍更正〉，《理律雙月刊》， <http://www.leeandli.com/web/bulletin/artical.asp?id=4435>。
3. 蔡瑞森，2004/1。〈商標行政爭訟案件的和解〉，《理律雙月刊》， <http://www.leeandli.com/web/bulletin/artical.asp?id=1774 >。
4. 李欽賢，2007/4/21。〈專利審查及不服審查之救濟制度〉，發表於「新世紀WTO論壇--智慧財產權學術與實務」研討會。台北市：財團法人台灣新世紀文教基金會。<http://www.taiwanncf.org.tw/index-c.htm>。
（四）其他
1. 李儀，2011/9/29。〈專利大戰迷思 專利銀行與智財基金：團結抗敵還是結黨獨占？（上）大戰篇〉，《北美智權股份有限公司》， <http://tw.naipo.com/Portals/1/web_tw/Knowledge_Center/Application/publish-67.htm >。
2. 2012/1。〈日本專利法2011年修法放寬了新穎性喪失之例外規定〉，《三達智慧財產權事務所》，第7期。
3. 哈今的專利自學手冊，<http://www.patent-tutorial.net/old_data/forum/viewtopic.php?t=663>。
4. 林怡芳律師，2009/5/11。〈智慧財產法院：技術審查官提問 別輕忽〉，《寰瀛法律事務所》， <http://www.fblaw.com.tw/publication_detail.php?cate=16&pid=20>。
5. 《MBA智庫百科》，<http://wiki.mbalib.com/zh-tw/%E8%A1%8C%E6%94%BF%E8%B0%83%E6%9F%A5>。
6. 2010/9/6。〈專利產業化 六年投入120億〉，《中小企業智權加值服務中心》， <http://ipcc.moeasmea.gov.tw/index.php?option=com_content&view=article&id=481:news-2010090602&catid=85:hotnews>。
7. 曾文怡，2011/11。〈韓國特許廳推動「技術公開網路服務」，公開技術達到防禦性功能且促進公眾利用〉，《資策會科技法律研究所》， <http://stlc.iii.org.tw/ContentPage.aspx?i=5561>。
8. 王耿斌，2010/10/14。〈專利侵害鑑定理論簡介〉，《中小企業智權加值服務中心》， <http://ipcc.moeasmea.gov.tw/index.php?option=com_content&view=article&id=504:column20101014&catid=92:2010-07-12-06-49-56&Itemid=143>。
9. 2011/2/11。〈發明專利再審查期間大幅縮短〉，《中小企業智權加值服務中心》， <http://ipcc.moeasmea.gov.tw/index.php?option=com_content&view=article&id=548:news-2011021102&catid=85:hotnews>。
10. 談定宇、陳思源，2010。〈美國專利再審查運用時機的大來臨〉，《前瞻智權》， <http://eleolo.brinkster.net/paper%2010.htm>。
11. 黃顗雯，〈現行專利行政救濟案件實務運作諸問題之探討〉，《學員法學研究報告》，頁469，<http://ja.lawbank.com.tw/pdf2/017%E9%BB%83%E9%A1%97%E9%9B%AF.pdf>。