Responsive image
博碩士論文 etd-0822103-162019 詳細資訊
Title page for etd-0822103-162019
論文名稱
Title
多磁場中蛋白質15N鬆弛參數的線性與非線性估計值的比較
Comparison between Linear and Nonlinear Estimation of Multifield 15N Relaxation Parameters in Protein.
系所名稱
Department
畢業學年期
Year, semester
語文別
Language
學位類別
Degree
頁數
Number of pages
58
研究生
Author
指導教授
Advisor
召集委員
Convenor
口試委員
Advisory Committee
口試日期
Date of Exam
2003-06-06
繳交日期
Date of Submission
2003-08-22
關鍵字
Keywords
主成分分析、相關時間、Ward's 分類方法、鬆弛參數、線性回歸、非線性回歸、核磁共振
linear estimation, nonlinear estimation, NMR
統計
Statistics
本論文已被瀏覽 5722 次,被下載 2172
The thesis/dissertation has been browsed 5722 times, has been downloaded 2172 times.
中文摘要
在被15N標定的蛋白質中,可使用在不同磁場下的三個15N 鬆弛參數(橫向鬆弛速率R_1,縱向鬆弛速率R_2,及1H-15N 交互鬆弛速率, sigma_NH)來獲得蛋白質的動態資訊。在無模型法則的假設下,使用N與H的譜密度函數,估計出以下四個參數值:NH鍵的慢運動相關時間、快運動相關時間、15N非等向遮蔽常數及序參數。在本篇研究中,我們對兩個不同的蛋白質(C12A-p8^MTCPI, K122-4 中的Pilin)分別使用線性及非線性方法估計比較前面所提到的四種參數值。並分別使用由線性及非線性所估計出來的四個參數的主成分,來對蛋白質中的殘基分類。結果顯示,四個參數的估計值的主成分,提供了與蛋白質二級結構有關的有用的資訊,而由線性估計出的參數又比線性的分類結果來得更好。最後,我們對橫向鬆弛速率(R_2)在多場下歸納出一些性質,並提出其在多場下的分佈性質。這個結果可用來檢驗無模型法則假設的適當性。
Abstract
According to the model free approach
assumption four protein dynamic related parameters, the slow
and fast local motion of the NH vector, the generalized order
parameter, and the 15N shielding anisotropy can be
estimated at each residue by the spectral density functions at the
resonant frequencies of N (omega_N) and H (omega_H). In
this work, we study the linear and nonlinear estimations of the
aforementioned parameters of the two proteins C12A-p8^MTCPI
and Pilin from strain K122-4. The principal components of the
four parameters of C12A-p8^MTCPI are used to cluster the residues. The
results show that the principle components provide useful
information about the secondary structure of the protein.
Finally, we propose a practical method to examine the model free
assumption by characterizing the distribution of the transverse
rate R_2 in multifield.
目次 Table of Contents
Abstract . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2 Literature Review . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.1 Theory of Relaxation Mechanisms . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
2.2 Transverse Relaxation Rates and Chemical Exchange
2.3 The Protein Information. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3 Methodology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.1 Linear Regression Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.2 Non-Linear Regression Method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
3.3 Hierarchical Clustering - Ward’s Method. . . . . . . . . . . . .
3.4 Principal Component Analysis(PCA) . . . . . . . . . . . . . . . .
4 Results and Discussions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.1 The First Protein . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
4.2 The Protein Pilin from Strain K122 − 4 . . . . . . . . . . . .
5 Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Appendices . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
A Mathematica Programming . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
A.1 The Linear Estimation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
A.2 The Nonlinear Estimation. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
參考文獻 References
[1] Abragam, A. (1961) Principles of Nuclear Magnetism. Clarendon Press, Oxford,
U.K.
[2] Alvin C. Rencher (1961) Methods of Multivariate Analysis. second edition Brigham
Young University.
[3] Canet, D. (1996) Nuclear Magnrtic Resonance. Concepts and methods Wiley:
Chichster.
[4] Canet, D, Philippe Barthe, Pierre Mutzenhardt, and Christrian Roumestand
(2001) A Comprehensive Analysis of Multifield 15N Relaxlation Parameters in
Protein: Determination of 15N Chemical Shift Anisotropies. J. Am. Chem. Soc.
123, 4567-4576.
[5] Douglas C. Montgomery, Elizabeth A. Peck, G. Geo rey Vining (2001) Introduction
To Linear Regression Analysis (Third Edition) Wiley-Interscience.
[6] Jeong-Yong Suh, Leo Spyracopoulos, David W. Keizer, Randall T. Irvin, and Brian
D. Sykes (2001) Backbone Dynamics of Receptor Binding and Antigenic Region
of a Pseudomonas aeruginosa Pilin Monomer. Biochemistry 40, 3985-3995.
[7] Lipari, G.; Szabo, A.(1982) J. Am. Chem. Soc. 104, 4546.
[8] Marceau, M., and Nassif, X. (1999) J. Bacteriol. 181, 656-661.
[9] PDB (Protein Data Bank: www.rcsb.org/pdb/)
電子全文 Fulltext
本電子全文僅授權使用者為學術研究之目的,進行個人非營利性質之檢索、閱讀、列印。請遵守中華民國著作權法之相關規定,切勿任意重製、散佈、改作、轉貼、播送,以免觸法。
論文使用權限 Thesis access permission:校內校外完全公開 unrestricted
開放時間 Available:
校內 Campus: 已公開 available
校外 Off-campus: 已公開 available


紙本論文 Printed copies
紙本論文的公開資訊在102學年度以後相對較為完整。如果需要查詢101學年度以前的紙本論文公開資訊,請聯繫圖資處紙本論文服務櫃台。如有不便之處敬請見諒。
開放時間 available 已公開 available

QR Code